Đến nay Huế vẫn còn lưu giữ hàng trăm ngôi chùa, trong đó có nhiều ngôi chùa là những danh lam thắng cảnh nổi tiếng, được xếp vào hàng quốc tự. Nói đến chùa Huế nhất định phải nói đến một ngôi chùa nổi tiếng nhất của đất cố đô: chùa Thiên Mụ. Chùa Thiên Mụ là một ngôi chùa nằm trên đồi Hà Khê, tả ngạn sông Hương, cách trung tâm thành phố Huế khoảng 5km về phía tây.
Chùa Thiên Mụ chính thức khởi lập năm Tân Sửu (1601), đời chúa Tiên Nguyễn Hoàng - vị chúa Nguyễn đầu tiên ở Đàng Trong. Đây có thể nói là ngôi chùa cổ nhất của Huế.
Chùa Thiên Mụ chính thức khởi lập năm Tân Sửu (1601), đời chúa Tiên - Nguyễn Hoàng. Dưới thời chúa Quốc - Nguyễn Phúc Chu (1691-1725) theo đà phát triển và hưng thịnh của Phật giáo xứ Đàng Trong, chùa được xây dựng lại quy mô hơn. Năm 1710, chúa Quốc cho đúc một chiếc chuông lớn, nặng trên hai tấn, gọi là Đại Hồng Chung, có khắc một bài minh trên đó. Đến năm 1714, chúa Quốc lại cho đại trùng tu chùa với hàng chục công trình kiến trúc hết sức quy mô như điện Thiên Vương, điện Đại Hùng, nhà Thuyết Pháp, lầu Tàng Kinh, phòng Tăng, nhà Thiền... mà nhiều công trình trong số đó ngày nay không còn nữa. Chúa Quốc còn đích thân viết bài văn, khắc vào bia lớn (cao 2,6m, rộng 1,2m) nói về việc xây dựng các công trình kiến trúc ở đây, việc cho người sang Trung Quốc mua hơn 1.000 bộ kinh Phật đưa về đặt tại lầu Tàng Kinh, ca tụng triết lý của đạo Phật, ghi rõ sự tích Hòa thượng Thạch Liêm - người có công lớn trong việc giúp chúa Nguyễn chấn hưng Phật giáo ở Đàng Trong. Bia được đặt trên lưng một con rùa đá rất lớn, trang trí đơn sơ nhưng tuyệt đẹp.
Trước thời điểm khởi lập chùa, trên đồi Hà Khê có ngôi chùa cũng mang tên Thiên Mỗ hoặc Thiên Mẫu, là một ngôi chùa của người Chăm. Truyền thuyết kể rằng, khi chúa Nguyễn Hoàng vào làm Trấn thủ xứ Thuận Hóa kiêm trấn thủ Quảng Nam, ông đã đích thân đi xem xét địa thế ở đây nhằm chuẩn bị cho mưu đồ mở mang cơ nghiệp, xây dựng giang sơn cho dòng họ Nguyễn sau này. Trong một lần rong ruổi vó ngựa dọc bờ sông Hương ngược lên phía đầu nguồn, ông bắt gặp một ngọn đồi nhỏ nhô lên bên dòng nước trong xanh uốn khúc, thế đất như hình một con rồng đang quay đầu nhìn lại, ngọn đồi này có tên là đồi Hà Khê. Theo truyền thuyết, người dân địa phương cho biết, nơi đây ban đêm thường có một bà lão mặc áo đỏ quần lục xuất hiện trên đồi, nói với mọi người: “Rồi đây sẽ có một vị chân chúa đến lập chùa để tụ linh khí, làm bền long mạch, cho nước Nam hùng mạnh”. Vì thế, nơi đây còn được gọi là Thiên Mụ Sơn. Tư tưởng lớn của chúa Nguyễn Hoàng dường như cùng bắt nhịp được với ý nguyện của dân chúng. Nguyễn Hoàng cả mừng, vào năm 1601 đã cho dựng một ngôi chùa trên đồi, ngoảnh mặt ra sông Hương, đặt tên là “Thiên Mụ”.
Dựa theo huyền thoại, đồng thời căn cứ hình dạng Hán tự từng ghi trên bao tài liệu cấu tạo bằng nhiều chất liệu, đủ khẳng định rằng trong tên Thiên Mụ, ngữ tố “Thiên” có nghĩa là “trời”. Năm 1862, dưới thời vua Tự Đức, để cầu mong có con nối dõi, nhà vua sợ chữ “Thiên” phạm đến Trời nên cho đổi từ “Thiên Mụ” thành “Linh Mụ” (“Bà mụ linh thiêng”). Vấn đề kiêng cữ như đã nêu chỉ diễn tiến từ năm Nhâm Tuất (1862) cho tới năm Kỷ Tỵ (1869). Sau đó, người dân gọi cả hai tên: chùa Thiên Mụ và chùa Linh Mụ. Vì rằng từ “Linh” đồng nghĩa với “Thiêng”, âm người Huế khi nói “Thiên” nghe tựa “Thiêng” nên khi người Huế nói “Linh Mụ”, “Thiên Mụ” hay “Thiêng Mụ” thì người nghe đều hiểu là muốn nhắc đến chùa này. Một số người còn đặt tên cho chùa là Tiên Mụ (“Bà mụ thần tiên”).Với cảnh đẹp tự nhiên và quy mô được mở rộng ngay từ thời đó, chùa Thiên Mụ đã trở thành ngôi chùa đẹp nhất xứ Đàng Trong. Trải qua bao biến cố lịch sử, chùa Thiên Mụ đã từng được dùng làm đàn Tế Đất dưới triều Tây Sơn (khoảng năm 1788), rồi được trùng tu tái thiết nhiều lần dưới triều các vua nhà Nguyễn. Năm 1844, nhân dịp mừng lễ “bát thọ” của bà Thuận Thiên Cao Hoàng hậu (vợ vua Gia Long, bà nội của vua Thiệu Trị), vua Thiệu Trị kiến trúc lại ngôi chùa một cách quy mô hơn: xây thêm một ngôi tháp bát giác gọi là Từ Nhân (sau đổi là Phước Duyên), đình Hương Nguyện và dựng 2 tấm bia ghi lại việc dựng tháp, đình và các bài thơ văn của nhà vua.
Tháp Phước Duyên là một biểu tượng nổi tiếng gắn liền với chùa Thiên Mụ. Tháp cao 21m, gồm 7 tầng, được xây dựng ở phía trước chùa vào năm 1844. Mỗi tầng tháp đều có thờ tượng Phật. Bên trong có cầu thang hình xoắn ốc dẫn lên tầng trên cùng, nơi trước đây có thờ tượng Phật bằng vàng. Phía trước tháp là đình Hương Nguyện, trên nóc đặt Pháp luân (bánh xe Phật pháp, biểu tượng Phật giáo. Pháp luân đặt trên đình Hương Nguyện quay khi gió thổi). Trận bão năm 1904 đã tàn phá chùa nặng nề. Nhiều công trình bị hư hỏng, trong đó đình Hương Nguyện bị sụp đổ hoàn toàn (nay vẫn còn dấu tích). Năm 1907, vua Thành Thái cho xây dựng lại, nhưng chùa không còn được to lớn như trước nữa. Hai bên tháp có hai nhà tứ giác, đặt hai tấm bia đời Thiệu Trị. Sâu vào bên trong là hai nhà lục giác, một nhà để bia và một nhà để quả chuông đúc đời chúa Nguyễn Phúc Chu.
Trong khuôn viên của chùa Thiên Mụ là cả một vườn hoa cỏ được chăm sóc vun trồng hàng ngày. Ở đó, hòn non bộ của vị tổ nghề hát tuồng Việt Nam là Đào Tấn được đặt gần chiếc xe ô tô - di vật của cố Hòa thượng Thích Quảng Đức để lại trước khi châm lửa tự thiêu để phản đối chính sách đàn áp Phật giáo của chế độ Ngô Đình Diệm năm 1963. Cuối khu vườn là khu mộ tháp của cố Hòa thượng Thích Đôn Hậu, vị trụ trì nổi tiếng của chùa Thiên Mụ, người đã cống hiến cả cuộc đời mình cho những hoạt động ích đạo giúp đời.
Chùa Thiên Mụ được xếp vào hai mươi thắng cảnh đất Thần kinh với bài thơ “Thiên Mụ chung thanh” do vua Thiệu Trị sáng tác và được ghi vào bia đá dựng gần cổng chùa. Qua nhiều đợt trùng tu lớn nhỏ, ngoài những công trình kiến trúc như tháp Phước Duyên, điện Đại Hùng, điện Địa Tạng, điện Quan Âm... cùng bia đá, chuông đồng, chùa Thiên Mụ ngày nay còn là nơi có nhiều cổ vật quí giá không chỉ về mặt lịch sử mà còn cả về nghệ thuật. Những bức tượng Hộ Pháp, tượng Thập Vương, tượng Phật Di Lặc, tượng Tam Thế Phật... hay những hoành phi, câu đối ở đây đều ghi dấu những thời kỳ lịch sử vàng son của chùa.
Chùa Thiên Mụ là niềm tự hào của người dân xứ Huế và là một ngôi quốc tự nổi tiếng ở nước ta. Hòa quyện với phong cảnh của một miền sông Hương, núi Ngự, chùa Thiên Mụ đã đi vào tâm thức của người dân bản xứ, tô đẹp cho Huế, gắn bó với Huế và là một bộ phận không thể tách rời của Huế.